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제도 개혁의 결과 사병이 혁파되고, 도평의사사(都評議使司)가 폐지되고 의정부가 설립되었다. 또한 승정원을 따로 두어 왕명의 출납을 관장하게 하였다. 결국 제2차 왕자의 난은 이방원의 왕위 계승을 촉진하고, 태종 때의 왕권 강화 기반을 조성한 일련의 제도개혁을 가능하게 한 촉진제가 되었다.